Η ανακατασκευή του μύλου έγινε, όπως ήδη έχει αναφερθεί, στο τέλος του1800 και οι αναφορές για αυτήν την δεύτερη περίοδο λειτουργίας του μύλου τον ονομάζουν πλέον ως Μέσα μύλο. Μεταξύ των δύο περιόδων λειτουργίας του μύλου υπήρξε ένα χρονικό διάστημα που ο μύλος παρήκμασε. Η ανακατασκευή του όμως έδωσε ώθηση στην λειτουργία του μύλου. Ο δεύτερος μύλος λειτουργούσε με νερό που πήγαζε από περιοχή του χωριού Κασσάνοι. Το νερό έρχονταν στο μύλο με επιφανειακό κανάλι (καταπότη) που κατασκευάστηκε μεταξύ των δύο χωριών (Ινι-Κασσάνοι ) και που περνούσε από την περιοχή της Αγίας Βαρβάρας. Είναι μάλιστα γνωστό μέχρι και σήμερα πολλοί από τους παλαιότερους κατοίκους της περιοχής το αναφέρουν ως το «Δέμα του παπά». Η ονομασία αυτή επικράτησε είτε γιατί πρωτεργάτης ήταν ο παπά Μιχάλης* από τους Κασσάνους είτε απλά γιατί η κατασκευή του έργου έγινε επί των ημερών του. Επικρατέστερη εκδοχή είναι η πρώτη.

Ιδιοκτήτες του μύλου ήταν κάτοικοι των δύο χωριών και καθένας από αυτούς είχε συγκεκριμένα ποσοστά. Η εκμετάλλευση του μύλου γινόταν με μερόνυχτα εργασίας ανάλογα με το ποσοστό που είχε ο κάθε ιδιοκτήτης. Κεφαλάτορες του μύλου, όπως λεγόταν, με το μεγαλύτερο ποσοστό ήταν: Σπυριδάκης Εμμανουήλ ή αλλιώς Χατζής , κάτοικος Ινίου με 10 μερόνυχτα, Ξανθάκης Ιωάννης ή αλλιώς Ντουρβαδογιάννης, κάτοικος Κασσάνων με 10 μερόνυχτα, άλλοι ιδιοκτήτες του μύλου, με μικρότερα όμως ποσοστά ήταν: Μπαριτάκης Ιωάννης ή Μπαριτοδάσκαλος ,κάτοικος Ινίου με 2 μερόνυχτα, Καινουργιάκης Γρηγόριος, κάτοικος Ινίου με 1,5 μερόνυχτα, Φαρσαράκης Εμμανουήλ ή Πορτακάλας, κάτοικος Ινίου με 1,5 μερόνυχτα. Ποσοστά είχε ένας ακόμα κάτοικος Κασσάνων αγνώστων λοιπών στοιχείων(Μιχελάκης).Ο Ντουρβαδογιάννης εκτός από ιδιοκτήτης του μύλου ήταν επίσης μυλωνάς (και ο Μιχελάκης), ιδιότητα που διατήρησε μέχρι το οριστικό κλείσιμο του μύλου. Οι υπόλοιποι ιδιοκτήτες μάλλον δεν δούλευαν οι ίδιοι τα μερόνυχτα τους αλλά τα χαν παραχωρήσει σημισακά, εισέπρατταν δηλαδή το 50 % του ποσοστού του αλέσματος. Η πληρωμή γινόταν με ποσοστό επί των οκάδων που ελεθόταν και αυτό ερχόταν στο 10% το οποίο εισέπρατταν οι ιδιοκτήτες-μυλωνάδες. Στο ποσοστό αυτό δεν συμπεριλαμβανόταν η είσπραξη κάποιου κεφαλικού φόρου.

Το άλεσμα ήταν σιτάρι ή κριθάρι ή μίξεις των 2 καρπών ή ακόμα και με ρόβι. Οι μίξεις των καρπών ονομαζόταν μιγάδι και χαρακτηριζόταν ώς ...μιγαδο αν υπερίσχυε το σιτάρι ή ως χοντρομίγαδο αν υπερίσχυαν το κριθάρι με το ρόβι. Η σύσταση του αλέσματος αντιπροσώπευε την οικονομική ευχέρεια του ατόμου-οι πιο εύποροι άλεθαν σιτάρι ενώ οι πιο φτωχοί άλεθαν κυρίως και αποκλειστικά μιγάδι. Το άλεσμα κουβαλιόταν στο μύλο σε υφαντά σακιά που ήταν γύρω στους 40 οκάδες για κάθε ζυμωτό. Σε περιόδους οικονομικής ....άλεθαν τα «μαντηλερά», το άλεσμα μεταφερόταν στο μύλο σε υφαντούς ντουρβάδες που ήταν από 10 έως 15 οκάδες.

Η λειτουργία του μύλου ήταν άμεσα εξαρτημένη από την ποσότητα του διαθέσιμου νερού .Τους χειμερινούς μήνες που υπήρχε αφθονία νερού ο μύλος «συρματούσε», όπως έλεγαν χαρακτηριστικά, άλεθε δηλαδή μέρα-νύχτα χωρίς διακοπή. Στους θερινούς μήνες η λειτουργία του μύλου σταματούσε όποτε το νερό δεν επαρκούσε. Σε κάθε περίπτωση όμως το νερό συλλεγόταν αρχικά στη στέρνα του μύλου και από εκεί οδηγούνταν στην φτερωτή του μύλου. Το νερό έπεφτε στη φτερωτή από ύψος 6-7 μέτρων και η κίνηση μεταδιδόταν μέσω ενός κάθετου άξονα στην χελιδόνα του μύλου και από κει στην μυλόπετρα. Ο νερόμυλος Ινίου ή αλλιώς Μέσα μύλος ήταν μείζονος σημασίας για όλη την ευρύτερη περιοχή καθώς εξυπηρετούσε τις ανάγκες όλων των γύρων χωριών. Η συρροή μάλιστα κατοίκων από τα γύρω χωριά είχε δημιουργήσει την ανάγκη κατασκευής ενός δεύτερου δωματίου δίπλα στην κάμαρα (κύριο κτίσμα) του μύλου, όπου διέμεναν οι ξενοχωριανοί ή και τα ζώα τους. Υπήρχαν βέβαια και άλλοι μύλοι στην περιοχή, ακόμα και στο χωριό , όμως ο Μέσα μύλος προσέλκυε τον περισσότερο κόσμο λόγω της μεγάλης του δυναμικότητας. Η λειτουργία του νερόμυλου σταμάτησε οριστικά στο τέλος της δεκαετίας του 1950 όποτε και μειώθηκε η ανάγκη του κόσμου να παράγει το δικό του αλεύρι και να φτιάχνει το κάθε νοικοκυριό το ψωμί του. Η εκβιομηχανοποιηση της παραγωγής έκανε διαθέσιμα έτοιμα άλευρα και έτοιμο ψωμί. Στο χωριό μάλιστα λειτούργησε επί σειρά ετών φούρνος, με ιδιοκτήτη τον Σπυριδάκη Γεώργιο. Επιπλέον στο κλείσιμο του μύλου συνετέλεσε το γεγονός ότι οι ιδιοκτήτες –μυλωνάδες ήταν προχωρημένης ηλικίας.

Αρδευτικό Σύστημα

Η λειτουργία του νερόμυλου ήταν άρρηκτα συνδεδεμένη με αρδευτικό σύστημα εκείνης της εποχής. Η κατασκευή του αγωγού για τη μεταφορά του νερού από τους Κασσάνους στο μύλο συνοδεύτηκε από την κατασκευή υπέργειων αρδευτικών καναλιών, οι γνωστοί καταπότες, που εξυπηρετούσαν τις ανάγκες της περιοχής. Για τον σκοπό αυτό συστάθηκε μια επιτροπή από κατοίκους των δύο χωριών που προέβη στο σχεδιασμό του δικτύου και ταυτόχρονα όρισε το αντίτιμο για τον κάθε χρήστη. Η εισφορά του καθενός ορίστηκε ανάλογα των στρεμμάτων που θα πότιζε καθώς και την απόσταση της κάθε ιδιοκτησίας από την Μεγάλη Κόψα, κεντρικό σημείο από όπου κινούσαν οι κεντρικοί καταπότες προς κάθε περιοχή. Η κάλυψη του δικτύου συμπεριλάβανε τις περιοχές της Αγίας Βαρβάρας, τα Λενικά , του Κορκολή, τις Καβούσες, το Καμπουρωτό Χαράκι και φυσικά τον Νερόμυλο. Η διαδρομή από την Μεγάλη Κόψα προς τον Νερόμυλο ήταν η μόνη που ήταν πάντα ανοιχτή. Η διοχέτευση του νερού προς τις άλλες διαδρομές γινόταν κατόπιν συνεννόησης και πολλές φορές, ιδιαίτερα τους καλοκαιρινούς μήνες που το νερό ήταν λιγοστό, η Μεγάλη Κόψα ήταν σημείο συνάντησης και βεγγέρας για τους χωριανούς που ήθελαν να ποτίσουν. Η συντήρηση των καταποτών γινόταν από τους ίδιους τους χωριανούς, ο καθένας φρόντιζε να μείνει ανοιχτός και καθαρός ο καταπότης που περνούσε από το κτήμα του. Οι κεντρικοί καταπότες που δεν εξυπηρετούσαν κάποια συγκεκριμένη ιδιοκτησία καθαριζόταν από κοινού κατόπιν συνεννοήσεως και αν κάποιος δεν συμμετείχε στα «δουλοδέματα», όπως λεγόταν, μπορούσε να καταγγελθεί και να του επιβληθούν κυρώσεις.

Επίσης ο νερόμυλος ήταν συνδεδεμένος και με την άρδευση στην περιοχή Κάτω μύλου καθώς το νερό που έφευγε από την φτερωτή οδηγούνταν μέσω ενός ξύλινου αγωγού που κατασκεύασαν, στα περιβόλια του Κάτω μύλου. Ο αγωγός αυτός καταστράφηκε από τον Φαρσαράκη Εμμανουήλ(Πορτακάλα) όταν κάποια στιγμή δεν έφτανε το νερό στο ....

Διαμέτρου περίπου 30cm επί προεδρίας Κουμάκη Εμμανουήλ, ο οποίος περίπου το 1945 εξασφάλισε την δωρεά αυτών των σωλήνων από τον τότε λιμενάρχη Ηρακλείου, Μπαντουβά Χρήστο. Αργότερα η άρδευση του χωριού στηρίχτηκε στο παλιό φράγμα Ινίου που βρίσκεται κάτω από τον νερόμυλο στην περιοχή της Παναγίας Κερά. Εμπνευστής και πρωτεργάτης της κατασκευής του Φράγματος ήταν ο τότε (αρχές του 1960) κοινοτάρχης του Ινίου Φρσαράκης Γεωργιος ή Παρασκάκης ο οποίος θεμελίωσε και περάτωσε το έργο αυτό παρά τις αντιδράσεις ορισμένων συγχωριανών του οι οποίοι τον πολέμησαν με κάθε τρόπο. Το παλιό φράγμα Ινίου κατασκευάστηκε σε 2 φάσεις, γεγονός που φαίνεται ακόμα και σήμερα στο κτίσμα του φράγματος.